Biskops Arnö är till större delen ett Natura 2000-område. Det finns 154 rödlistade arter på ön, många av dem är knutna till trädskiktet.
När man vandrar i hagarna och de gamla lövskogarna får man en lite andäktig känsla. Det äldsta trädet som vi känner till är Biskopseken, som är ca 550 år gammalt, men under ädellövskronorna i de betade gamla hagmarkerna skapas ett rum fyllt av historia.
Stora grova stammar som ännu lever och bär liv, stora grova stammar som sedan länge lagt sig ner och bär ett annat sorts liv, flera av de rödlistade arterna. På våren är marken blå och vit av sippor. I trädkronorna och i luften samlas ett rikt antal fåglar. Närheten till fågellokalen Hjälstaviken gör att också fågellivet på Biskops Arnö är mångfacetterat.
Förutom Natura 2000-området tillhör Biskops Arnö kategorin ”vädefulla fastigheter” och är skyddat av förordningen av statliga byggnadsminnen. Man vill på detta sätt bevara historiskt viktiga fastigheter, både vad gäller byggnader, landskap och markanvändning.
Förutom de viktiga naturtyperna finns även höga naturvärden knutna till kulturelement som alléer och parkmiljö.